Gaia-X basiert auf einem Vorstoß des ehemaligen Bundeswirtschaftsministers Peter Altmaier mit seinem damaligen französischen Amtskollegen Bruno Le Maire im Jahr 2019. Der deutsch-französische Schulterschluss umfasste neben dem Projekt zum sicheren Datenteilen, die Kooperation im Bereich der Künstlichen Intelligenz sowie einen gemeinsamen Ansatz für eine europäische Dateninfrastruktur, die den Erhalt und Ausbau der europäischen Datensouveränität ermöglichen.

Anfang des Jahres 2022 setzte die Umsetzungsphase von Gaia-X zeitgleich mit der Inbetriebnahme erster Dienste und Datenräume (z.B. Mobility Data Space) ein. Ermöglicht wurde dies insbesondere durch das Bundesministerium für Wirtschaft und Klimaschutz und dessen Förderwettbewerb ,,Innovative und praxisnahe Anwendungen und Datenräume im digitalen Ökosystem Gaia-X“. Die elf ausgewählten Vorhaben müssen zu marktwirksamen Innovationen beitragen und ein hohes Marktpotential aufweisen.

Die Organisationsstruktur von Gaia-X spiegelt die politische Struktur Europas wider und baut auf drei Säulen auf: